• Gestione dei documenti e dei flussi informativi, assegnando un numero di protocollo unico a ogni documento in entrata e in uscita, garantendone la tracciabilità e l'identificazione inequivocabile e attribuendogli valore legale, certificandone l'esistenza in un determinato momento con le informazioni essenziali del documento (il mittente/destinatario, l'oggetto, il tipo di documento), ecc. In base a un titolario di classificazione (un sistema gerarchico di codici che rappresentano le materie di competenza dell'ente), il protocollo classifica i documenti per facilitarne l'archiviazione e la ricerca.
• Permette di raggruppare i documenti che fanno parte dello stesso procedimento o affare, creando fascicoli logici.
• Provvede a smistare i documenti agli uffici o ai responsabili di procedimento competenti per materia.
• Garantisce la corretta conservazione dei documenti, sia in formato cartaceo che digitale, nel rispetto delle norme sulla conservazione sostitutiva e sull'integrità dei dati.
• Gestisce i messaggi in entrata e uscita tramite PEC, garantendone la protocollazione.

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